罗马-拜占廷帝国统治时期,埃及文化领域中一个最重要的变化就是公元1世纪中期基督教的传人。经过一个多世纪的发展,这里逐渐演变成为基督教神学的重要中心之一。特别是埃及亚历山大教理学校,代表了当时基督教研究的最高水平,基督教最早的神学体系也正是诞生于此 而作为基督教修道制度的滥觞之地,埃及在其起源和发展史上更是有着极为重要的影响。长期以来修道主义也被视作埃及对基督教世界的伟大贡献,后来的基督教修道制度都直接或间接地起源于埃及。

基督教合法化以来,大量有浓厚宗教情结的土著埃及人开始皈依基督教,使得埃及教会有了长足的发展。特别是亚历山大主教区,逐渐成为政治上四分五裂的埃及的代言人,并一度担任整个东方教会的领导者。遗憾的是,此后的一个多世纪中,埃及成为了教义纷争的策源地。从尼西亚到察尔西顿的四次大公会议,更是见证了埃及基督教会由盛转衰的全过程。

在政治和文化冲突背景下,埃及教会逐渐脱离了大公教会的范畴和帝国的控制,走上了独立发展的道路。独特的科普特语言、文学和艺术,也是埃及基督教留给现代世界的重要遗产,同时还成为后来人们了解埃及基督教的一个重要途径。